Un temps appelé Anstrude, Bierry les Belles Fontaines possède de nombreuses sources alimentant fontaines et lavoirs, d'où son nom.

De l'église du XII° siècle, il ne reste que l'abside, la nef et le portail sont beaucoup plus récents.

Un château fut construit au XVIII° siècle au sommet de la colline par André François d'Anstruther.

Au hameau des Souillats, une charmante petite chapelle dédiée à St Hubert.

Des sarcophages mérovingiens ont été découverts aux XIX et au XXème siècle, certains sont exposés au musée d'Avallon.